Le 19 juillet 2010, le Conseil d’Etat a rendu 2 arrêts dans lesquels il remet en cause certaines dispositions du fichier Base-Elève. D'une part, il a exigé que la durée de conservation des données actuellement de 35 ans soit réduite à 15 ans. D’autre part, la nature de la CLIS ne doit plus être spécifiée. Le droit pour chacun de s'opposer au traitement de données personnelles pour des raisons légitimes est également réouvert, puisque les dispositions de l'arrêté du 20 octobre 2008 qui interdisent l'exercice de ce droit d'opposition pour motifs légitimes sont annulées. Le Conseil d’Etat a donné 3 mois au Ministère de l'Education nationale pour se conformer aux arrêts rendus.